Ayobantu mengalokasikan biaya operasional sebesar 5% dari total dana donasi yang terkumpul. Biaya operasional ini dialokasikan untuk menunjang kebutuhan operasional dan pengembangan Ayobantu sebagai platform penggalangan dana dan donasi. Ayobantu tidak mengenakan biaya operasional (biaya operasional sebesar 0%) untuk kategori donasi “Bencana”.
Biaya operasional yang ditetapkan sesuai dengan Peraturan Pemerintah Republik Indonesia Nomor 29 Tahun 1980 tentang Pelaksanaan Pengumpulan Sumbangan Pasal 6 yaitu berbunyi “Pembiayaan usaha pengumpulan sumbangan sebanyak-banyaknya 10% (sepuluh persen) dari hasil pengumpulan sumbangan yang bersangkutan”.